分子蒸馏器的分子蒸馏又称短程蒸馏，是一种在高真空下进行分离和精制的连续蒸馏过程。蒸馏物分子从蒸发到冷凝的距离小于分子运动的平均自由程。由于平均自由程的不同，不同的物质分子在液-液状态下被分离。

　　分子蒸馏是一种特殊的液--液分离技术，它不同于传统的基于沸点差分离原理的蒸馏，而是取决于不同物质运动平均自由程的不同。这里，分子运动的自由路径（用λ表示）是指分子两次相邻碰撞之间的路径。

　　当液体混合物沿加热板流动并被加热时，轻分子和重分子将从液体表面逸出并进入气相。由于轻分子和重分子的自由程不同，不同物质的分子从液体表面逃逸后会以不同的距离运动。如果能适当设置冷凝板，轻分子会到达冷凝板并被排出，而重分子不会到达冷凝板并沿着混合物排出。这样就达到了物料分离的目的。

　　分子蒸馏器的分子蒸馏技术作为一种高新技术的分离技术，与其它分离技术相比具有许多优点：

　　1、操作温度低（远低于沸点），高真空（空载不足1Pa），加热时间短（秒），分离效率高，特别适用于沸点高、热敏感、易氧化的物质的分离。

　　2、能有效去除混合物中的低分子物质（除臭）、重分子物质（脱色）和杂质。

　　3、分离过程是一种物理分离过程，它能保护分离出的物质不受污染，特别是能保持天然提取物的原有质量。

　　4、分离度高于传统蒸馏和普通薄膜蒸发器。