分子蒸馏器的分子蒸馏是一种特殊的液液分离技术。它不同于传统蒸馏的沸点差分离原理，而是通过不同物质分子运动的平均自由程的差异来分离。、分子蒸馏器又称短距离蒸馏，是一种高真空下液-液分离的连续精馏过程。它不同于传统蒸馏法的沸点差原理。它与蒸馏混合物的分子量有关，并且它可以远离沸点进行操作。分子量差异越大，自由分子量越大。范围越大，馏出物越纯。

       当液体混合物沿着加热板流动并被加热时，轻分子和重分子将从液体表面逸出并进入气相。随着轻、重分子自由程的不同，不同物质分子从液面逸出后，移动距离不同。如果可以适当地设置冷凝板，轻分子到达冷凝板进行冷凝和排放。重分子不能到达凝结板并沿混合物排出。这样，就达到了材料分离的目的。

       沸腾膜与冷凝表面之间的压力差是蒸汽流动的驱动力，而小的压降将导致蒸汽流动。低于1MbR的操作需要在沸腾表面和冷凝表面之间很短的距离。基于这一原理的蒸馏器称为短距离蒸馏。短距离蒸馏（分子蒸馏）具有与加热表面相对的内部冷凝器，并将操作压力降低到0.00毫巴。

       分子蒸馏器具有显著的优点：短时间-材料停留在受热表面上的时间较短，并且减少热分解的机会减少。低沸点-蒸发温度远低于材料的沸点，从而进一步降低材料加热分解的可能性。物理分离可以有效地保护分离材料，并适用于高沸点。分离热敏性和氧化性物质，低蒸馏温度-（低于沸点，这与常规蒸馏的本质不同），高真空度-低压力，可以抑制材料氧化损伤，高传热效率。蒸馏液膜的NCY，均匀，分离度高，无沸腾气泡图像，有效脱臭除臭，适用于溶剂萃取后的溶解，液体被溶解，目标产物被选择性蒸除其它杂质。