除了一些天然存在或添加在油中的成分的潜在毒性外，无论是纯脂肪还是含有其他脂类的食品，一些热敏性或化学不稳定成分可能会在加工、储存、运输、流通和消费过程中通过一系列化学反应产生毒性。其中，加热和油炸过程中产生的有毒不饱和脂肪氧化物，尤其是形成的尿素非加合物，具有较强的致癌作用；氢化油中反式脂肪酸的生化特性一直备受关注；天然或添加的碳氢化合物在液态油中的溶解度也是一个问题。由于细胞膜对脂溶性物质的吸收选择性较差，大多数脂溶性有毒物质在环境污染中的吸收富集所造成的潜在毒性不容忽视 多氯联苯引起食用油中毒的悲剧事件仍然令人担忧；石油浸出工艺中使用的溶剂及其对环境的污染正受到越来越多人的质疑和重新审视。然而，超临界二氧化碳浸出技术在很长一段时间内无法取代现有的石油浸出技术，至少在连续性和生产成本方面是如此。此外，随着转基因油料作物品种的不断增加和商品化，转基因油料产品的安全性日益成为人们关注的焦点。与此同时，世界各国对食品管理和卫生法规的要求越来越严格，这对普通食用油产品的安全提出了新的挑战。

芥酸主要存在于十字花科植物种子中，如菜籽和芥菜籽。关于高芥酸菜籽油对健康的影响有很多争论。起初，人们认为芥酸是有毒的，会损害小鼠的心脏。已证实，食用大量高芥酸菜籽油的幼鼠患上了以脂肪沉积为特征的心肌炎，而老年鼠患上了以芥酸引起的纤维化为特征的心肌炎。然而，后来对其他动物和人体的实验结果证明，芥酸对除小鼠外的其他动物和人体没有毒性作用。对小鼠心脏的损害是由于小鼠体内缺乏一系列酶以及菜籽油的清除和吸收率低。从营养角度来看，高芥酸菜籽油中必需脂肪酸含量过低，而芥酸含量偏高或偏高，且芥酸碳链过长，影响人体吸收。因此，高芥酸菜籽油的营养甲酯远远低于大豆油、棉籽油和其他植物油。