对于分子蒸馏器的真空度控制，早期的控制方法是开环控制。这种控制方法波动较大。随着对分离物质纯度要求的增加，由于这种真空度控制方法稳定性差，很难满足高纯度的要求。为了解决这一问题并将真空稳定在预定值，可以使用气体流量控制器进行反馈控制，并且可以通过调整空气入口和出口来达到保持稳定真空的目的。如果真空度控制采用闭环控制，只要液环真空泵和旋片式真空泵的真空度保持在负压，则串联气体流量控制器，以保持分子蒸馏器的真空度稳定。

分子蒸馏器将V10和V11之间以及v19上端的真空计改为数字真空计，并将采集的数据直接传输至PLC。真空泵由PLC控制，以达到预定的真空度。由于真空泵由液环真空泵和旋片真空泵组成，冷却水流量的稳定性直接影响真空泵的运行，因此真空泵稳定性差，波动剧烈。

对于分子蒸馏器设备，蒸发器直径较小，受真空度波动的影响较大。此时，当蒸发器中的真空度达到预定值范围时，打开气体质量流量控制器以连续泵送或供应气体。根据预定值与实际真空仪表之间的误差，通过控制误差来减小误差，达到真空度稳定的目的。在选择过程中，对于分子蒸馏器需要选择经济合理的蒸馏温度，使物料在加工过程中具有更好的稳定性；可随时调节和控制设备内的温度和真空压力条件。设备中的塔柱采用特殊的抗热应力膨胀折皱截面设计，可有效防止塔柱温差突变的不安全因素。