当分子蒸馏器的液体混合物沿着加热板流动并被加热时，轻分子和重分子将从液体表面逸出并进入气相。由于轻、重分子自由程不同，不同物质分子在离开液面后的移动距离不同。如果可以适当地设置冷凝板，则轻分子到达冷凝板。冷凝排出，而重分子不到达冷凝板。这样，就达到了材料分离的目的。沸腾膜与冷凝表面之间的压力差是蒸汽流动方向的驱动力，而小的压降将导致蒸汽流动。低于1MbR的操作需要在沸腾表面和冷凝表面之间很短的距离。基于这一原理的蒸馏器称为短距离蒸馏。短距离蒸馏（分子蒸馏）具有与加热表面相对的内部冷凝器，并将操作压力降低到0.00毫巴。短程蒸馏是在1～0.11MPar压力下进行热分离的过程。它的低沸点温度非常适合热敏性和高沸点。基本部件是带有加热套、转子和内冷凝器的圆柱形气缸，刮板和防溅装置安装在转子的固定齿条上。内部冷凝器位于蒸发器的中心，转子在圆柱形汽缸和冷凝器之间旋转。

          分子蒸馏器是在高真空下蒸馏的一种方法。蒸汽分子的平均自由程大于蒸发表面与冷凝表面之间的距离。因此，液体中各组分的蒸发速率的差异可以用来分离液体混合物。在一定的温度下，气体分子的压力和平均值越低。自由之旅越大。当蒸发空间的压力非常低（10-2～10-4毫米汞柱），冷凝表面接近蒸发表面时，蒸发表面之间的垂直距离小于气体分子的平均自由程，和蒸发的汽化蒸气分子。表面不能与其他分子发生碰撞，直接到达冷凝表面并冷凝。